Com o crescimento da pressão global sobre os recursos naturais, o turismo relacionado com a natureza, em especial o ecoturismo, tem sido considerado um aliado na conservação do meio ambiente, além de representar uma alternativa econômica para as populações tradicionais. Se desenvolvida e operada adequadamente, a atividade causa menor impacto ambiental e cultural que outros setores produtivos como agricultura, pecuária, garimpo ou extração de madeira.

Como o tamanho das operações do segmento ecoturístico é pequeno, alcançar eficiência e eficácia torna-se um grande desafio. Além disso, viagens especializadas constituem um setor fragmentado, ainda pouco desenvolvido em termos de associações, parceria e comunicação.

O ecoturismo começou a ser investigado como área potencial de trabalho para o Funbio em 1999, dentro do Programa de Estudos Estratégicos, com o propósito de buscar novos campos de atuação para o Fundo. A pesquisa constatou carência na capacitação dos profissionais que atuam em empreendimentos de ecoturismo.

O objetivo principal de um programa de Melhores Práticas é compartilhar práticas com chances de sucesso entre os atores da indústria turística: prestadores de serviços e grupos de interesses como as comunidades tradicionais, entre outras. Esse modo de fazer pode atuar como catalisador de mudanças.

Um programa de Melhores Práticas deve ser funcional e aplicável até por pessoas de pouca ou nenhuma prática operacional, ainda que seja necessária certa tutela no início de implantação. Deve, ainda, atender aos critérios de qualidade e de certificação de produtos, informando, capacitando, treinando, monitorando e ajustando práticas em busca de eficiência e eficácia.

A capacitação e o treinamento dos monitores envolviam a preparação de equipes de caráter multidisciplinar, com habilidades e experiências variadas, para atuar como agentes capacitadores, além da capacitação de atores locais, em melhores práticas operacionais e financeiras em ecoturismo e turismo especializado.

Após esta fase de capacitação, os monitores eram enviados a projetos de ecoturismo onde, coordenados pelo Corpo Técnico do Programa, colocavam em prática o que aprenderam no curso, além de trocarem conhecimentos com as comunidades locais.

Para o desenvolvimento do programa, orçado em R$1,8 milhões, se fez necessária a composição de parcerias. Sendo assim foi fechado um contrato com quatro parceiros: a Financiadora de Estudos e Projetos (FINEP), que disponibilizou R$409 mil para o projeto; o Banco da Amazônia (BASA), com R$183 mil; o Instituto Brasileiro de Turismo (Embratur), com R$570 mil; e o Ministério do Meio Ambiente, por meio da  Secretaria de Desenvolvimento Sustentável, com R$335 mil especificamente para o desenvolvimento ecoturístico do Pólo Ecoturístico do Delta do Parnaíba, nos Estados do Piauí e Maranhão. O Funbio destinou recursos de R$330 mil para o Programa.

Também teve apoio da Secretaria de Meio Ambiente e Turismo de Corumbá (SEMATUR), o Instituto de Estudos Sócio-econômicos do sul da Bahia (IESB), a Conservation International, a Associação de Pousadas Pantaneiras (APPAN), a Fundação Estadual do Meio Ambiente do Estado do Mato Grosso (FEMA), o Conselho Nacional da Reserva da Biosfera da Mata Atlântica (CNRBMA), e o Projeto TAMAR. Por parte da iniciativa privada também teve apoio da Companhia Vale do Rio Doce, das linhas aéreas Varig, Rio Sul e Nordeste, que contribuem com tarifas reduzidas, diminuindo custos operacionais.