Possibilitar a composição de recursos para apoio a projetos de interesse comum, em áreas temáticas consideradas prioritárias para a conservação e o uso sustentável da biodiversidade no Brasil. Esse é o principal objetivo do Programa Fundo de Parcerias, lançado através de um edital em outubro de 1998 e encerrado em julho de 2002.
Os projetos apoiados pelo fundo de parceria foram propostos por um dos parceiros ou selecionados a partir de edital, devendo enquadrar-se nas seguintes áreas: uso direto e/ou indireto de recursos genéticos e biológicos e criação ou implantação de unidades de conservação (públicas ou privadas).
Entre as entidades elegíveis estão instituições do setor público ou privado, nacionais ou internacionais (empresas, fundações, ONGs, etc.). Até maio de 2002 foram assinados contratos de parceria com o Instituto Terra, Fundação Promar, Fundação CSN, Klabin Papel e Celulose, Fundação Brasileira para o Desenvolvimento Sustentável (FBDS), Cemig, Fundação Rureco e AS-PTA (Assessoria e Serviços a Projetos em Agricultura Alternativa).
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