O Programa Fundação Ford/Funbio é resultado da composição do Fundo de Parceria entre a Fundação Ford e o Funbio, em outubro de 1999. Voltado ao apoio financeiro de projetos de desenvolvimento sustentável localizados nos biomas Amazônia e Mata Atlântica. Foram selecionados 9 projetos, com suas execuções iniciadas em setembro de 2000.
Entre as atividades envolvidas no programa estão o manejo sustentável de diversas espécies frutíferas tropicais, hortaliças, condimentos, café, plantas medicinais, palmito e piaçava, além, da produção artesanal de objetos de arumã e madeira, e elaboração de programas de desenvolvimento sustentável de comunidades e municípios.
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