O Fundo Amapá foi desenhado pelo Funbio com apoio da Fundação Gordon e Betty Moore e CI-Brasil, e em estreita articulação com a equipe da Secretaria de Meio Ambiente do Amapá para destinar recursos para a manutenção das áreas protegidas de biodiversidade do estado. Lançado em 2015, tem aporte inicial de US$ 2,5 milhões doados pela Global Conservation Fund (GCF), da Conservation International e contrapartida estadual de R$ 1 milhão.
O mecanismo prevê a captação de recursos de fontes diversificadas como TACs, doações e pagamentos por serviços ambientais. O objetivo é dar agilidade à execução e flexibilidade para a alocação de recursos nas áreas protegidas, de forma que atenda às reais necessidades das Unidades de Conservação (UCs) do estado mais preservado do Brasil.
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